Известных пещер, достаточно больших и пользующихся популярностью у туристов, всего три – Фугаку, Нарусава и Сайко.

Пещера ветров, носящая название Фугаку – это несколько соединенных между собой карстовых пещер. Здесь достаточно низкая температура держится в течение года и не поднимается выше нулевой отметки по Цельсию. В этой природной пещере можно полюбоваться на сталактиты и лавовые скалы. Последние, образовались вследствие извержения Фудзи в 864 году. В старые времена местные жители использовали пещеру, как огромный холодильник (сохранились деревянные стеллажи) для хранения продуктов.

Пещеру Сайко называют Пещерой летучих мышей. Это самая большая пещера Фудзи, ее протяженность около 350 метров. Температура круглогодично около 0 градусов. Зимой здесь значительно теплее, чем снаружи и именно поэтому ее выбрали для зимовки огромные колонии летучих мышей. Соседство человека негативно повлияло на численность популяции рукокрылых. Однако последнее время специалисты прилагают усилия по восстановлению колоний.

Нарусава носит название Ледяной пещеры, хотя температура в ней точно такая же, как и в Фугако и Сайко. Но именно в этой пещере можно увидеть много льда. Лед образуется естественным путем из воды, которая просачивается сквозь стены пещеры в щели. Эта вода поступает из подземных источников. Огромные ледовые сталактиты и сталагмиты до нескольких метров в ширину и почти три десятка метров в длину делают пещеру поистине сказочным местом. Сама пещера не очень большая, всего 153 метра в длину.